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위험성은 처방된 약제의 종류, 약제 복용의 기간, 자궁의 유무에 따라 다르며 5년 이하의 단기 치료의 경우는 위험성이 거의 없습니다. 그러나 장기간 치료, 혹은 드문 확률로 인해 발생할 수 있는 질환은 다음과 같습니다.

1. 자궁내막암: 자궁을 가지고 있는 여성의 경우 에스트로겐의 단독 복용은 자궁내막암 발생의 위험도가 증가합니다. 이러한 위험성은 프로게스테론을 추가함으로써 방지할 수 있으므로 자궁을 가진 여성에게 이 두 가지 호르몬을 모두 복용하는 것이 중요하다고 할 수 있습니다. 또한, 자궁내막암의 일차적인 증상은 질 출혈이므로 이를 관찰하는 것이 중요합니다.

2. 유방암: 대부분의 연구에서 호르몬 대체 요법과 유방암의 발생은 관련이 없다고 하나 어떤 연구에서는 15년 이상 호르몬을 복용하는 경우 유방암의 발생이 약간 증가했다고 합니다.