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근래에 궤양성대장염 환자에게 주로 시행하는 수술방법은 대장을 전부 잘라낸 후 소장을 주머니처럼 만들어 항문에 연결하는 방법입니다. 이러한 방법을 사용하면 인공 장루(인공 항문)가 없이 자기 항문을 통하여 대변을 볼 수 있으므로 환자들의 만족도가 비교적 높습니다.

그러나 이런 수술을 받을 경우 완전히 정상으로 돌아가는 것은 아니며 대개 묽은 변을 자주 보게 됩니다. 이러한 문제는 수술 직후에 가장 심하고 점차 어느 정도까지는 적응이 되지만 수술 후 1년이 지나서도 하루 평균 6~7회의 대변을 보게 됩니다.

또한 간혹 변이 새어나오는 경우도 생길 수 있는데, 특히 낮에는 괜찮은 사람도 잠잘 때는 자기도 모르게 변이 새어 나오는 경우가 있습니다.

또한 항문에 연결한 소장 주머니(회장낭)에 염증이 생기는 경우가 종종 있습니다. 이것을 회장낭염이라고 부르는데 왜 생기는지는 잘 모르며, 일부 환자에게는 매우 골치 아픈 문제가 될 수도 있습니다. 대장을 잘라낸 후 소장을 배 바깥으로 끌어내어 인공 장루를 만드는 수술을 받은 경우에는 이런 문제가 없습니다.