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과민성대장증후군은 궤양성대장염이나 크론병에서 보통 보이는 것과 같은 대변에 있어 출혈의 흔적이 없다는 점에서 구별됩니다. 이는 과민성대장증후군이 설사나 변비 또는 그것이 번갈아 나타나는 경우에도 마찬가지입니다.

그리고 어떠한 의학적인 검사에서도 장 손상의 흔적이 없다는 것이 다릅니다. 이것들은 임상증상에 의한 감별방법으로 과민성대장증후군을 알기 위하여 전문가가 쓸 수 있는 몇 안되는 열쇠라고 할 수 있습니다.

또한 염증성 장질환과는 다르게 과민성대장증후군은 절대적으로 기능적인 이상입니다. 이는 궤양성대장염이나 크론병에서와 같이 병적이거나 염증성의 장조직이 결장의 어느 곳에도 없다는 뜻입니다.

한의학에서는 크론병이나 궤양성 대장염은 오히려 그 증상에 따라 혈변(血便) 등의 범주에 속하게 되어 과민성대장증후군과 일부 증상에서 비슷한 점이 있긴하지만 기본적 다릅니다.