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첫번째 원인으로는 적혈구 항원에 대한 항체가 생성되어 나타나는 면역이 관계된 것으로 이것에는 Rh 부적합증과 ABO 부적합증이 대표적입니다.

Rh 부적합증이란 산모의 혈액형이 Rh 음성, 태아는 Rh 양성인 상태에서 어떤 기전에 의하여 태아의 적혈구가 산모의 혈액 내로 들어가면 산모가 이에 대한 항체를 형성합니다. 이렇게 만들어진 항체가 태반을 통해 태아에게 흘러가면 이것이 태아의 적혈구에 부착되고, 이렇게 부착된 태아의 적혈구가 면역 기전에 의해 파괴되는 것입니다.

ABO 부적합증은 산모의 혈액형이 O형이고, 태아가 A나 B형일 때 산모의 혈장 내에 있는 항-A 또는 B 항체가 태아에게로 흘러가 이것이 태아의 적혈구에 붙어 이렇게 감작된 적혈구가 면역 기전에 의해 파괴되는 것입니다.

두번째는 적혈구막의 이상으로, 유전적 원인으로 적혈구의 외피(막)가 비정상적으로 만들어져서 적혈구 모양이 이상한 모양으로 되어 버리는 질환입니다. 이런 비정상적 형태의 적혈구가 비장 등을 통과할 때 쉽게 파괴되어 빈혈이 일어납니다.

그 외에도 적혈구 효소나 혈색소의 구조 이상 또는 비타민 E 결핍 등도 원인이 되어 신생아 시기에 빈혈을 일으킬 수 있습니다.